Методы и инструменты, используемые при подготовке публикаций научных статей в формате HTML

Article Sidebar

PDF
Опубликован: 23.05.2023
УДК 004.91 УДК 004.774
DOI: https://doi.org/10.26907/1562-5419-2023-26-2-252–302
Выпуск
Том 26 № 2 (2023): Тематический выпуск по материалам XXIV Всероссийской научной конференции «Научный сервис в сети Интернет», 19–23 сентября 2022 года). Часть 3

Main Article Content

Римма Юрьевна Скорнякова
Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН
https://orcid.org/0000-0001-7372-3574

Аннотация

Наряду с традиционной формой электронного представления полных текстов научных статей – форматом PDF – в последние годы все большее распространение получает формат HTML, обладающий для онлайн-публикаций рядом преимуществ за счет имеющихся в нем средств для лучшей структуризации материала, вставки мультимедийного контента и реализации разного рода интерактивных и динамических возможностей. В связи с этим становится весьма актуальной задача получения HTML-версии научной статьи из исходного формата материала, присланного автором. В настоящей работе рассмотрены различные подходы к подготовке HTML-версий полных текстов научных статей, применяемые в издательствах, и описаны используемые при этом программные инструменты. Основное внимание уделено инструментам, применяемым для исходных материалов в формате Word. Изложены также основы стандарта JATS XML, широко применяемого при подготовке онлайн-публикаций журнальных статей.

Article Details

Библиографические ссылки

1. Чебуков Д.Е. Об HTML версии полного текста научной статьи // Труды XX Всероссийской научной конференции «Научный сервис в сети Интернет», г. Новороссийск, 17–22 сентября 2018 г. М.: ИПМ им. М.В. Келдыша, 2018. С. 487–498. URL: https://keldysh.ru/abrau/2018/theses/16.pdf, https://doi.org/10.20948/abrau-2018-16.
2. Анимация и видео в научной публикации / М.М.Горбунов-Посадов [и др.] // Препринты ИПМ им. М.В. Келдыша. 2014. № 104. 32 с. URL: https://library.keldysh.ru/preprint.asp?id=2014-104.
3. Китаев Е.Л., Скорнякова Р.Ю. Скрейпинг «на лету» внешних веб-ресурсов, управляемый разметкой HTML-страницы // Препринты ИПМ им. М.В. Келдыша. 2019. № 20. 31 с. https://doi.org/10.20948/prepr-2019-20, URL: https://library.keldysh.ru/preprint.asp?id=2019-20.
4. Горбунов-Посадов М.М. Живая публикация // Открытые системы. 2011. № 4. С. 48–49. URL: https://keldysh.ru/gorbunov/live.htm.
5. Горбунов-Посадов М.М., Скорнякова Р.Ю. Обновляемая дата последней редакции в ссылке на живую публикацию // Препринты ИПМ им. М.В. Келдыша. 2017. № 82. 14 с. URL: https://library.keldysh.ru/preprint.asp?id=2017-82, https://doi.org/10.20948/prepr-2017-82.
6. Aalbersberg I.J. PDF versus HTML – which do researchers prefer? // Elsevier connect. 9 Jul 2013. URL: https://www.elsevier.com/connect/pdf-versus-html-which-do-researchers-prefer.
7. Kasdorf W.E. The XML revolution // Learned Publishing. 2001. Vol. 14, No. 3. P. 223–231. https://doi.org/10.1087/095315101750240485.
8. Young D., Madans P. XML: Why Bother? // Publishing Research Quarterly. 2009. No. 25. P. 147–153. https://doi.org/10.1007/s12109-009-9120-4.
9. Rech D.A. Instituting an XML-First Workflow // Publishing Research Quarterly. 2012. No. 28. P. 192–196. https://doi.org/10.1007/s12109-012-9278-z.
10. Kasdorf W.E. The Columbia Guide to Digital Publishing. NYC: Columbia University Press, 2003. 816 p.
11. Murray-Rust P., Rzepa H.S. Scientific publications in XML – towards a global knowledge base // Data Science. 2002. No. 1. P. 84–98. https://doi.org/10.2481/dsj.1.84.
12. Standardized Markup for Journal Articles: Journal Article Tag Suite (JATS) // NISO website, 07.07.2021. URL: https://www.niso.org/standards-committees/jats.
13. Lapeyre D.A. Introduction to JATS (Journal Article Tag Suite) // XML.com. 12.10.2018. URL: https://www.xml.com/articles/2018/10/12/introduction-jats/.
14. Usdin B.T., Lapeyre D.A. JATS/BITS/NISO STS // Proceedings of the Symposium on Markup Vocabulary Ecosystems. Balisage Series on Markup Technologies, vol. 22 (2018), Washington, DC, USA, 30.07.2018. https://doi.org/10.4242/BalisageVol22.Usdin01.
15. Beck J. NISO Z39.96 The Journal Article Tag Suite (JATS): What Happened to the NLM DTDs? // The Journal of Electronic Publishing. 2011. Vol. 14, issue 1. https://doi.org/10.3998/3336451.0014.106.
16. Donohoe P., Sherman J., Mistry A. The Long Road to JATS // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, April 21–22, 2015. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279831/.
17. Гафурова П.О., Елизаров А.М., Липачёв Е.К. Базовые сервисы фабрики метаданных цифровой математической библиотеки Lobachevskii-DML // Электронные библиотеки. 2020. Т. 23. № 3. С. 336–381. https://doi.org/10.26907/1562-5419-2020-23-3-336-381.
18. Lizzi V. Improving JATS for multilingual articles // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, May 3–4, 2022. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK579699/.
19. Journal Archiving and Interchange Tag Library NISO JATS Version 1.3 // National Center for Biotechnology Information. URL: https://jats.nlm.nih.gov/archiving/tag-library/1.3/chapter/set-intro.html.
20. Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.3 // National Center for Biotechnology Information. URL: https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.3/chapter/journal-tag-set-intro.html.
21. Article Authoring Tag Library NISO JATS Version 1.3 // National Center for Biotechnology Information. URL: https://jats.nlm.nih.gov/articleauthoring/tag-library/1.3/chapter/set-intro.html.
22. Journal Article Tag Suite // National Center for Biotechnology Information URL: https://jats.nlm.nih.gov/.
23. JATS4R (JATS for Reuse). Официальный сайт. URL: https://jats4r.org/.
24. Kasdorf W.E. Getting from Word to JATS XML // The Association of Learned and Professional Society Publishers blog. 18.10.2018. URL: https://blog.alpsp.org/2018/10/getting-from-word-to-jats-xml.html.
25. Adam L.R., Perera C. eXtyles, Typefi, and the NLM Journal Publishing DTD // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, November 1–2, 2010. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47080/.
26. Piez W. HTML First?: Testing an alternative approach to producing JATS from arbitrary (unconstrained or "wild") .docx (WordML) format // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, April 25–26, 2017. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK425546/.
27. Oxygen XML Editor. URL: https://www.oxygenxml.com/.
28. Fonto Editor. URL: https://www.fontoxml.com/.
29. LiXuid Manuscript. URL: https://www.ariessys.com/blog/introduction-lixuid-manuscript-xml/.
30. XEditor. URL: https://www.xpublisher.com/products/xeditor.
31. Texture JATS XML editor. URL: https://github.com/substance/texture.
32. Garnett A., Aufreiter M., Buchtala O., Alperin J. P. Introducing Texture: An Open Source WYSIWYG Javascript Editor for JATS // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, April 25–26, 2017. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK425544/.
33. Libero Editor. URL: https://gitlab.coko.foundation/libero/editor.
34. PMC XML Validator // National Center for Biotechnology Information. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/xmlchecker/.
35. JATS4R Validator // JATS4R, NISO Working Group. URL: https://validator.jats4r.org/.
36. PMC Style Checker // National Center for Biotechnology Information. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/stylechecker/.
37. ScienceCentral Style Checker // The Korean Federation of Science and Technology Societies. URL: https://www.e-sciencecentral.org/tools/stylechecker/.
38. JATS Preview Stylesheets // GitHub.com. URL: https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets.
39. Piez W. Fitting the Journal Publishing 3.0 Preview Stylesheets to Your Needs: Capabilities and Customizations // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, November 1–2, 2010. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47104/.
40. Graham T. Formatting JATS: as easy as 1-2-3 // Proceedings of Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con), Bethesda (MD), USA, April 1–2, 2014. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK189779/.
41. PeerJ/jats-conversion: Conversion and validation for JATS XML // GitHub.com URL: https://github.com/PeerJ/jats-conversion.
42. Seeing through the eLife Lens: A new way to view research // Inside eLife, Jun 6, 2013. URL: https://elifesciences.org/inside-elife/0414db99/seeing-through-the-elife-lens-a-new-way-to-view-research.
43. Lens // GitHub.com URL: https://github.com/elifesciences/lens.
44. Inera JATS Solutions. URL: https://www.inera.com/jats-solutions/.
45. Inera eXtyles Arc. URL: https://www.inera.com/extyles-arc/.
46. Typefi: Automated publishing for print, online, and mobile. URL: https://www.typefi.com/products-services/.
47. Q&A: End-to-end automation with eXtyles Arc and Typefi. URL: https://www.typefi.com/qa-end-to-end-automation-with-extyles-arc-and-typefi/.
48. Eve M.P. The Means of (Re-)Production: Expertise, Open Tools, Standards and Communication // Publications. 2014. No. 2. P. 38–43. https://doi.org/10.3390/publications2010038.
49. Ictect Intelligent Content for Journals. URL: https://www.ictect.com/JATS-XML.
50. SciSpace JATS XML Converter. URL: https://typeset.io/for-publishers/jats-xml/.
51. Pandoc. URL: https://pandoc.org/.
52. Transpect. An Open Source framework for converting and checking data. URL: https://transpect.github.io/.
53. Ахметов Д.Ю., Елизаров А.М., Липачёв Е.К. Сервис-ориентированная информационная система научного журнала «Электронные библиотеки» // Электронные библиотеки. 2016. Т. 19, № 1. С. 2–39. URL: https://rdl-journal.ru/article/view/377/468.
54. Галявиева М.С., Елизаров А.М., Липачёв Е.К. Цифровая инфраструктура электронного научного журнала: автоматизация редакционно-издательских процессов и система сервисов // Электронные библиотеки. 2016. Т. 19, № 5. С. 408–465. URL: https://rdl-journal.ru/article/view/404/489.
55. meTypeset. URL: https://github.com/withanage/meTypeset.
56. Garnett A., Alperin J.P., Willinsky J. The Public Knowledge Project XML Publishing Service and meTypeset: Don't call it "Yet Another Word-to-JATS Conversion Kit" // Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2015 [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2015. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279666/.
57. DocxToJats. URL: https://github.com/Vitaliy-1/docxToJats.
58. Ekanger A., Odu O. How we tried to JATS XML // Ravnetrykk. 2020. No. 39. P. 156–162. https://doi.org/10.7557/15.5517.
59. 13 Best Free Word to HTML Converter Software for Windows. URL: https://listoffreeware.com/free-word-to-html-converter-software-windows/.
60. XMLmind Word To XML: Convert DOCX to unstyled, valid, “semantic” XHTML 1.0, 1.1 or 5.0. URL: https://xmlmind.com/w2x/docx_to_xhtml.html.
61. Doc Converter Pro. URL: https://docconverter.pro/.
62. XSweet. URL: https://xsweet.org/.
63. Open XML PowerTools. URL: https://github.com/OpenXmlDev/Open-Xml-PowerTools/.
64. Opensagres XDocReport. URL: https://github.com/opensagres/xdocreport.
65. Mammoth. URL: https://mike.zwobble.org/projects/mammoth/.
66. Siegman T., Young B. HTML-First at Wiley // BookNet Canada blog. 14.02.2018. URL: https://www.booknetcanada.ca/blog/2018/2/14/html-first-at-wiley.
67. Research Articles in Simplified HTML: a Web-first format for HTML-based scholarly articles / Peroni, Silvio [at al.] // PeerJ Computer Science. 2017. No. 3. Article no. e132. https://doi.org/10.7717/peerj-cs.132.
68. PubCSS. URL: https://github.com/thomaspark/pubcss.
69. dokieli. URL: https://dokie.li/.
70. Capadisli S., Guy A., Verborgh R., Lange C., Auer S., Berners-Lee T. Decentralised authoring, annotations and notifications for a read-write web with dokieli // Proceedings of the 17th international conference on web engineering. Cham. 2017. Springer. P. 469–481. https://doi.org/10.1007/978-3-319-60131-1_33.
71. RASH Framework. URL: https://rash-framework.github.io/
72. Spinaci G., Peroni S., Di Iorio A., Poggi F., Vitali F. The RASH JavaScript Editor (RAJE): A Wordprocessor for Writing Web-first Scholarly Articles // Proceedings of the 2017 ACM Symposium on Document Engineering. 2017 (DocEng 2017). P. 85–94. https://doi.org/10.1145/3103010.3103018


Лицензия Creative Commons

Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.

Представляя статьи для публикации в журнале «Электронные библиотеки», авторы автоматически дают согласие предоставить ограниченную лицензию на использование материалов Казанскому (Приволжскому) федеральному университету (КФУ) (разумеется, лишь в том случае, если статья будет принята к публикации). Это означает, что КФУ имеет право опубликовать статью в ближайшем выпуске журнала (на веб-сайте или в печатной форме), а также переиздавать эту статью на архивных компакт-дисках журнала или включить в ту или иную информационную систему или базу данных, производимую КФУ.

Все авторские материалы размещены в журнале «Электронные библиотеки» с ведома авторов. В случае, если у кого-либо из авторов есть возражения против публикации его материалов на данном сайте, материал может быть снят при условии уведомления редакции журнала в письменной форме.

Документы, изданные в журнале «Электронные библиотеки», защищены законодательством об авторских правах, и все авторские права сохраняются за авторами. Авторы самостоятельно следят за соблюдением своих прав на воспроизводство или перевод их работ, опубликованных в журнале. Если материал, опубликованный в журнале «Электронные библиотеки», с разрешения автора переиздается другим издателем или переводится на другой язык, то ссылка на оригинальную публикацию обязательна.

Передавая статьи для опубликования в журнале «Электронные библиотеки», авторы должны принимать в расчет, что публикации в интернете, с одной стороны, предоставляют уникальные возможности доступа к их материалам, но, с другой, являются новой формой обмена информацией в глобальном информационном обществе, где авторы и издатели пока не всегда обеспечены защитой от неправомочного копирования или иного использования материалов, защищенных авторским правом.

При использовании материалов из журнала обязательна ссылка на URL: http://rdl-journal.ru. Любые изменения, дополнения или редактирования авторского текста недопустимы. Копирование отдельных фрагментов статей из журнала разрешается для научных исследований, персонального использования, коммерческого использования до тех пор, пока есть ссылка на оригинальную статью.

Запросы на право переиздания или использования любых материалов, опубликованных в журнале «Электронные библиотеки», следует направлять главному редактору Елизарову А.М. по адресу: amelizarov@gmail.com

Издатели журнала «Электронные библиотеки» не несут ответственности за точки зрения, излагаемые в публикуемых авторских статьях.

Предлагаем авторам статей загрузить с этой страницы, подписать и выслать в адрес издателя журнала по электронной почте скан Авторского договора о передаче неисключительных прав на использование произведения.