Abstract: Создана электронная библиотека знаний GeneExpress для обеспечения полного цикла аннотации геномной ДНК, включая накопление первичных экспериментальных данных; автоматический анализ этих данных; документирование закономерностей, выявленных в качестве результатов этого анализа; генерацию активных приложений, использующих эти закономерности для аннотации геномной ДНК, и, что является новшеством GeneExpress, объяснение результатов аннотации геномной ДНК вплоть до указания первичных экспериментальных данных, на основании которых были созданы методы получения этих результатов. Таким образом, GeneExpress сочетает в себе поисковые возможности статического информационного ресурса и прогностические возможности активных приложений. Одна из этих возможностей заключается в объяснении результатов аннотации вплоть до первичных экспериментальных данных, с помощью которых были созданы методы получения этих результатов; вторая - в комплексном анализе расшифрованных фрагментов ДНК путем сопоставления результатов распознавания функциональных сайтов, координированная работа которых регулирует экспрессию генов. Реализация и применение этих новых возможностей демонстрируются на примере распознавания функциональных сайтов, предсказания их биологической активности и предсказания "высокого/низкого" уровня экспрессии генов. Электронная библиотека знаний GeneExpress является общедоступной через Интернет, http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/systems/GeneExpress/.